תפיסת "המחונן והמצטיין בכיתתו" רואה את התלמידים המחוננים והמצטיינים כבעלי מאפיינים וצרכים ייחודיים המחייבים מענה מותאם בדרכי ההוראה, הלמידה וההערכה, הן בבתי הספר, בכיתות ההטרוגניות, והן באמצעות מסגרות ותוכניות ייחודיות.
המענה המותאם יאפשר לתלמידים אלו, כמו לכל התלמידים, להתפתח ולצמוח בהתאם ליכולותיהם ולכישרונותיהם.
בתי הספר מחויבים לתת מענה לאוכלוסיות מיוחדות הלומדות בכיתה ההטרוגנית, ובהם גם התלמידים המחוננים והמצטיינים. המענה יכול להינתן בכיתה ההטרוגנית, בקבוצת הדומים, מחוץ לכיתה ההטרוגנית, ובאמצעות תוכנית לימודים אישית. על המענה לכלול הרחבה והעמקה בתכנים ומשימות מאתגרות ומעוררות חשיבה.
צוות החינוך בבית הספר נדרש גם לתת את הדעת לקשיים חברתיים ורגשיים אשר לעיתים מתעוררים בהקשר של מחוננות. לרשות הצוותים הפדגוגיים עומד מידע רב במרחב הפדגוגי לעו"ה – מחוננים ומצטיינים וכן אפשרויות מגוונות לפיתוח מקצועי. בבתי הספר שבהם קיימות תוכנית מאה במא"ה או תוכנית אמירים ניתנת גם הדרכה בית ספרית.
האגף למחוננים ולמצטיינים הקים צוות פיקוח והדרכה לנושא "המחונן והמצטיין בכיתתו" העוסק בהטמעת התפיסה על כל היבטיה. הצוות עובד בשיתוף פעולה עם יחידות מטה ומחוז כדי להביא למודעות רחבה של הצורך למענה ייחודי לתלמידים המחוננים והמצטיינים, לפיתוח מקצועי של צוותי ההוראה ולפיתוח של חומרי הוראה ולמידה המסייעים לצוותים לתת את המענה הלימודי הרגשי והחברתי הייחודי שהתלמידים זקוקים לו.
מדריכות המחונן והמצטיין בכיתתו במחוזות וכן צוותי מרכז המחוננים, ובמיוחד יועצות ורכזי ההשתלבות במרכז, ערוכות לסייע לבתי הספר במתן מענה ספציפי לתלמידים מחוננים ומצטיינים הזקוקים לכך. הסיוע יינתן לבתי ספר המעוניינים בכך ואשר מנהליהם יפנו לאגף באמצעות פנייה בפורטל מוסדות.