האגף לתלמידים מחוננים ומצטיינים מפעיל מערך מלגות סיוע ומלגות הצטיינות לתלמידים מצטיינים שמשלבים לימודים בתיכון עם לימודים לתואר אקדמי במוסדות להשכלה גבוהה.
תלמיד הלומד בבית ספר על יסודי, שבית ספרו הצטרף לתוכנית "אקדמיה בתיכון" (על בית הספר להצטרף לתוכנית בכל סמסטר), והוא משלב לימודים במוסדות להשכלה גבוהה שהצטרפו לתוכנית "אקדמיה בתיכון", על פי מסלולי ההמרה שאושרו – זכאי לקבלת מלגה אם הוא עומד בכל התנאים שיפורטו בהמשך.
במסגרת התוכנית "אקדמיה בתיכון" ניתנים 2 סוגי מלגות. המלגות ניתנות רק לקורסים הנלמדים בסמסטר א' ו-ב', לא כולל סמסטר קיץ:
התלמיד יוכל לקבל מלגת הסיוע וגם מלגת ההצטיינות אם הוא עומד בכל התנאים הנדרשים לכל אחד מסוגי המלגות.